数据管理与备份
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技术文档·工作流·归档·备份
一次 NPT 跑下来,轨迹轻松 几 GB,而 in.npt 和脚本往往只有几 KB。磁盘满了写不进去、scratch 被管理员清空、本地和集群各一份不知道以谁为准——这些比「Lammps 报错」更搞心态,而且重跑一遍可能又是一周。
本文讲分子模拟数据放哪、记啥、备啥:跟 科研项目目录结构规范 的文件夹配套,跟 Git简明使用教程 分工——Git 管怎么复现,备份管跑出来的大文件。
学完能带走:六层数据怎么分(配置、结构、原始轨迹、处理后、图表、元数据各进不进 Git)、本机 / $HOME / $SCRATCH 各放啥、跑完一轮 runlog 该记哪些字段,以及课题结了怎么冷备份。文件夹长什么样先看 科研项目目录结构规范;本地和集群之间倒文件见 本地与集群文件传输。
| 层级 | 进 Git? | 谁管 |
|---|---|---|
in 文件、力场、runlog |
✅ | Git简明使用教程 |
| dump、xtc 等原始轨迹 | ❌ | 本篇(备份 + scratch) |
| 论文用 PDF 图 | ✅ | 跟 figures/ 一起提交 |

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学习路径
前置阅读:
下一步:
- Jupyter Notebook科研使用规范 —— 轨迹别塞进 ipynb
- 从模拟到论文图的工作流
- Docker与Apptainer入门(规划中)—— 环境复现的另一条路
