科研项目目录结构规范
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技术文档·工作流·项目规范·Git
做模拟久了，桌面容易堆满 分析_最终版_v3.ipynb、几 GB 的 dump.lammpstrj，还有说不清哪来的 in(1).txt。半年后你要复现、写论文、换电脑跑——找不到文件比跑不动模拟更折磨人。
可以把项目根目录想成一间工作室：左边抽屉放输入和配置，中间工作台写脚本和 Notebook，右边大柜子存轨迹（别往 Git 里塞），墙上贴运行日志。本文给出 MolSimulX 推荐的分子模拟项目布局，复制目录树就能开新项目。
学完能带走：一套 MolSimulX 推荐目录树（config/、lammps/、data/raw/、figures/ 各放啥）、README 和 .gitignore 该写什么，以及相对路径怎么写才在本机和集群都不挂。小文件版本历史用 Git简明使用教程；轨迹放哪、跑完记啥元数据、冷备份怎么做，跟 数据管理与备份 配套读。
| 问题 | 姊妹篇 |
|---|---|
哪些文件该 git commit |
Git简明使用教程 |
| 轨迹、scratch、备份策略 | 数据管理与备份 |
| 从目录到投稿的整条链 | 从模拟到论文图的工作流 |
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