MDStudio搭建盒子
系列标签：
MDStudio·搭建盒子·Packmol·Lammps
有了各组分的结构和 .ff，还差把它们按配比塞进同一个周期盒子，并写出 Lammps 能直接读的 data.lmp / in.lmp。MDStudio 的搭建盒子把这件事串成一条流水线：
选择物种（结构 + .ff）与个数 → 设定盒子 → 生成 pack.inp → 运行 Packmol 得 simbox.xyz → 生成 data.lmp、in.lmp（必要时 pair.lmp）。
本文详细介绍支持的输入、物种与个数设置、盒子尺寸与周期、三步操作与产物、单分子拓扑如何确定、多分子 LAMMPS type 为何不合并、各产物文件的内容与注释约定，以及规模超限时的处理。这里的「搭建」是把已知的单分子模板复制装盒并写出 Lammps 输入，不重新计算电荷或重拟合力场。
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