Jupyter Notebook科研使用规范

系列标签： 技术文档 · 工作流 · Jupyter · 可复现

Notebook 边跑边看图，探索轨迹、试参数很爽——但你也可能遇到过：上面改了温度没重跑，下面图还是旧的；git diff 刷出几万行图片乱码；队友打开你的 ipynb 内核不对、路径全挂。这些不是 Jupyter 坏了，是用得不够规矩。

本文讲分子模拟科研里 Notebook 怎么写才可复现、好协作——放哪、怎么组织单元格、怎么交 Git、啥时候该改成 .py。不会开关 Jupyter、不懂单元格快捷键的，先看 JupyterLab简明教程；本文不管「会不会用工具」，管「用得对不对」。

读完你应该能自查：Notebook 该放 notebooks/ 哪一层、Kernel 是不是项目环境、提交 Git 前要不要清输出、探索完了怎么收成 scripts/ 里的 .py。目录摆法跟 科研项目目录结构规范 对齐；在 VSCode / Cursor 里跑见 VSCode与Cursor简明教程，远程集群见 VSCode与Cursor远程连接集群。

学习路径

前置阅读：

• JupyterLab简明教程
• 科研项目目录结构规范
• Git简明使用教程

下一步：

• 从模拟到论文图的工作流
• NumPy与Matplotlib简明教程