Lammps安装简明教程

系列标签： 技术文档 · Lammps · 安装 · package · GPU · macOS · Linux

平台和 Python 环境有了，下一步往往是：本机能不能先跑通一小段 Lammps？笔记本上短跑冒烟、调试 in 文件，比每次改两行就 rsync 上集群排队省事得多。

本文讲 Mac 与 Linux（含 Ubuntu / WSL） 上安装可执行程序的常用路径：Homebrew、apt，以及 CMake 自编译——含开启常见 / 特殊 package、编 GPU 版（GPU package 与 KOKKOS）。目标是装出能敲的命令（如 lmp / lammps_serial），跑通冒烟，搞清本机安装和集群 module load 的关系。

细节跟 官方 Build extras 与集群环境走。装本机底座仍看 Mac与Ubuntu开发环境配置；平台总览见 分子模拟工作平台搭建；正式生产多在集群，见 集群与SLURM简明教程。

你在哪 读哪篇
新 Mac / 新 Ubuntu 还没 CLT / Homebrew / apt 基础 Mac与Ubuntu开发环境配置
Windows 原生 先 WSL2安装与配置，再按本文 Ubuntu 节
本机装发行版 Lammps 下文第三～四节
有改写 / 新增源码，要自己编 下文第五节
要开特殊 package / 编 GPU 版 下文第六～七节
交作业、登录节点别硬跑 集群与SLURM简明教程

官方总览：Lammps 安装文档（版本与包名偶有变动，以官网与包管理器为准）。

lammps

一、先选一条安装路线

路线 适合谁 优点 注意
Mac：Homebrew 已按 Mac与Ubuntu开发环境配置 装好 brew 一行安装；自带 serial / MPI 可执行文件 并行 PPPM 易踩 FFTW 坑（见第三节）；要稳请自编译 KISS
Ubuntu / Debian / WSL：apt 系统较新 简单；随系统更新 发行版仓库版本可能略落后于官网最新 stable
源码 CMake 自编译 Mac 推荐（尤其要用 kspace_style pppm）；要开特定 package / GPU；或手里有改写源码 版本与 FFT 可控；可避开 brew FFTW 要准备编译器 + CMake；别和 brew/apt 的 lmp 抢 PATH

入门可先：Ubuntu / WSL 用 apt；Mac 可 brew 冒烟，但正式本机算、尤其 MPI + PPPM，建议按第五节自编译（FFT=KISS）。先冒烟通过，再决定要不要为某个 pair_style、或自写势函数加更多 package。

Tips： 集群上常见是 module load lammps 或管理员编好的路径，不必在登录节点再 brew/apt 一份生产构建。本机安装主要服务「短跑调试」；自编译二进制再 rsync / 按集群规矩安装时，版本与 package 要和生产一致。

二、安装前确认底座

在终端执行（Mac / Linux / WSL 通用思路）：

# Mac
brew --version
clang --version

# Ubuntu / WSL
sudo apt update
gcc --version

若 brew / 编译器都没有，先完成 Mac与Ubuntu开发环境配置。Windows 用户所有命令都在 WSL 里敲。

三、Mac：用 Homebrew 安装

  1. 确保 Homebrew 可用（步骤见 Mac与Ubuntu开发环境配置）。
  2. 安装：
brew install lammps
  1. 按 brew 结束时的提示确认 PATH。常见可执行文件名（以你机器为准）：
which lammps_serial
which lammps_mpi
lammps_serial -h

官方说明：Homebrew 安装后通常提供 lammps_serial 与 lammps_mpi，并附带部分 potentials / examples 等资源目录（见 Install for macOS）。可用：

brew test lammps -v

做一次包管理器侧的快速自检（需联网与 brew 测试权限，视环境而定）。

可选： 需要 OpenKIM 模型时：

brew install openkim-models

Tips： 预编译缺某个 package（Unrecognized … style）时，按下文第五、六节用 CMake 开启对应 PKG_…（或挂上自写代码）再编——Homebrew 默认配方不一定覆盖你课题的全部包。

Mac + Homebrew：并行 PPPM 的已知问题

Homebrew 的 lammps bottle 把 FFT 链到 FFTW3 with threads（libfftw3 + libfftw3_omp），不是 FFTW-MPI。在 Apple Silicon 上用 mpirun -np N 跑 kspace_style pppm 时，常见在 PPPM initialization 阶段直接 Segmentation fault（堆栈多落在 fftw_plan_awake / FFT3d 析构）。

做法 说明
临时避开 改用 lj/cut/coul/cut（无长程 kspace）；或 OMP_NUM_THREADS=1 mpirun -np 1 … 串行冒烟
推荐 自己编译，CMake 设 -D FFT=KISS（第五节），装到 $HOME/…，与 brew 版并存
不推荐 指望 brew install 改成 KISS——官方 formula 写死 -DFFT=FFTW3，无现成 option

需要本机 MPI + PPPM（水体系、长程静电等）时，请直接跟第五节的 Mac 示例，不要把 brew 的 lammps_mpi 当生产引擎。

四、Ubuntu / Debian / WSL：用 apt 安装

sudo apt update
sudo apt install -y lammps

常见可执行文件名为 lmp（部分环境也可能提供带后缀的变体）：

which lmp
lmp -h

需要 OpenKIM 模型时可再装（包名以发行版为准）：

sudo apt install -y openkim-models

更新仓库后的 Lammps 包：

sudo apt update
sudo apt upgrade lammps

说明见 Install for Linux。Fedora / RHEL / openSUSE 等用各自的 dnf / yum / zypper，包名多为 lammps，本文不一一展开。

五、自己改写 / 新增源码：CMake 编译

发行版装的是「别人编好的二进制」。下面这些情况通常要拿源码自己编（Mac、Ubuntu、WSL 流程相同；Windows 仍建议在 WSL 里做）：

情况 为什么包管理器不够
Mac 上要稳定跑 MPI + PPPM brew 的 FFTW threads 组合易段错误（见第三节）；请用 FFT=KISS 自编译
改了现有 pair_* / fix_* / fix_* 等 brew / apt 装不到你的补丁
新加了一个 style（自定义势、新 fix） 必须把 .cpp/.h 编进可执行文件
课题要开特定 package，预编译没开 用 -D PKG_xxx=on 重开再编
要对齐论文 / 集群上的某个 git commit 固定源码树再构建，便于复现

官方入口：Build with CMake · Adding your own code（旧作文与新版路径名偶有差异，以当前文档为准）。

1. 编译依赖

# Ubuntu / WSL
sudo apt update
sudo apt install -y build-essential cmake git
# 需要 MPI 并行时再装，例如：
# sudo apt install -y libopenmpi-dev openmpi-bin

# Mac（CLT + Homebrew，见「Mac与Ubuntu开发环境配置」）
brew install cmake
# 需要 MPI 时（Mac 自编译推荐一并装上）：
brew install open-mpi libomp

核对：

cmake --version
c++ --version    # 或 g++ / clang++

2. 准备源码树（含你的改写）

常见两种来源——以你实际手里的目录为准：

# A. 官方源码再改（举例）
git clone --depth 1 https://github.com/lammps/lammps.git
cd lammps
# 在 src/ 或自建 package 目录里改 / 加文件……

# B. 课题组已给你改过的完整树（zip / git 仓库）
cd /path/to/your-lammps-fork
# 例如：cd ~/software/lammps

放自定义代码的习惯（择一，别两边各抄一份）：

  1. 改现有文件：直接改 src/ 里对应源文件，保存后重编即可。
  2. 新增 style：按官方「自建 package」做法，把文件放进例如 src/MYPKG/（目录名与 package 名约定见文档），构建时打开对应 PKG_…；或按 Modify 文档把文件挂进现有 package。
  3. 务必随可执行文件记下：基于哪个 upstream 版本 / commit、你自己的补丁清单，否则半年后 Methods 写不清「跑的是哪一版引擎」。

用 Git简明使用教程 给 fork 开分支；大轨迹仍不要塞进同一仓库（见 数据管理与备份）。

3. 标准构建（装到用户目录，避开系统包）

不要 overlap 覆盖 brew / apt 的全局 lmp——装到家目录前缀，用绝对路径或单独改 PATH。

Mac 推荐示例（MPI + KISS + 常用 package）

避开 brew FFTW：用内置 KISS FFT；用 most + nolib 打开一大批常用包（含 KSPACE / MOLECULE / REAXFF 等，又去掉要重库的 GPU/PYTHON…）：

cd /path/to/lammps          # 例如 ~/software/lammps

cmake -S cmake -B build-kiss-mpi \
  -C cmake/presets/most.cmake \
  -C cmake/presets/nolib.cmake \
  -D CMAKE_BUILD_TYPE=Release \
  -D BUILD_MPI=yes \
  -D BUILD_OMP=yes \
  -D FFT=KISS \
  -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/software/lammps-kiss \
  -D CMAKE_PREFIX_PATH="$(brew --prefix open-mpi);$(brew --prefix libomp)" \
  -D OpenMP_CXX_FLAGS="-I$(brew --prefix libomp)/include" \
  -D OpenMP_CXX_LIB_NAMES=omp \
  -D OpenMP_omp_LIBRARY="$(brew --prefix libomp)/lib/libomp.dylib"

cmake --build build-kiss-mpi -j "$(sysctl -n hw.ncpu)"
cmake --install build-kiss-mpi

export PATH="$HOME/software/lammps-kiss/bin:$PATH"
lmp -h | head -40           # 确认 FFT = KISS、已装 packages
OMP_NUM_THREADS=1 mpirun -np 4 lmp -in in.lj

KISS vs FFTW（一句话）： KISS 是 LAMMPS 自带简易 FFT，无外部依赖、本机并行 PPPM 更稳；FFTW 通常更快，但 brew bottle 的 threads 组合在 Mac 上容易崩。生产集群仍可按管理员构建用 FFTW。

通用 / 最小示例（串行、少包）

cd /path/to/your-lammps-fork
mkdir -p build && cd build

# 串行入门示例；需要的 package 按课题打开（名称见官方 Packages 列表）
# Lammps_MACHINE 可给可执行文件起名：装出 lmp_<名字>（不设则多为 lmp）
cmake ../cmake \
  -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/opt/lammps-custom \
  -D Lammps_MACHINE=custom \
  -D BUILD_MPI=no \
  -D FFT=KISS \
  -D PKG_MOLECULE=yes \
  -D PKG_KSPACE=yes
  # 若你建了 MYPKG：再加 -D PKG_MYPKG=yes

cmake --build . -j "$(sysctl -n hw.ncpu 2>/dev/null || nproc)"
cmake --install .

装完后二进制通常在 $HOME/opt/lammps-custom/bin/。上面例子会得到 lmp_custom（未设 Lammps_MACHINE 时多为 lmp，以 ls 为准）：

export PATH="$HOME/opt/lammps-custom/bin:$PATH"
which lmp_custom
lmp_custom -h

给可执行文件起名（推荐多版本并存时用）： CMake 选项 -D Lammps_MACHINE=名字 会生成 lmp_名字（共享库则多为 liblammps_名字…）。名字自定，例如 serial、mpi、gpu、reax-gpu、课题组简称。本机可同时保留：

场景 示例
日常串行调试 -D Lammps_MACHINE=serial -D BUILD_MPI=no → lmp_serial
MPI 生产构建 -D Lammps_MACHINE=mpi -D BUILD_MPI=yes → lmp_mpi
GPU / 自改源码 -D Lammps_MACHINE=gpu 或 mycustom → lmp_gpu / lmp_mycustom

作业脚本、which、Methods 里都写 lmp_名字 的绝对路径，就不会和 brew / apt 的 lammps_serial、系统 lmp 撞车。说明见 Basic build options。

需要 MPI 时，在本机装好 OpenMPI / MPICH 后改为例如 -D BUILD_MPI=yes，并用 mpirun -np … lmp_mpi -in … 试跑（核数别占满整机，见第九节）。

Tips： 第一次配置错了（忘开 package、装错前缀），删掉 build/ 重建往往比在旧缓存上硬改省心：rm -rf build && mkdir build && cd build && cmake …。

4. 改完代码怎么重编

日常开发循环：

# 1. 改 src/… 或你的 package 目录
# 2. 回到当初的 build 目录
cd /path/to/your-lammps-fork/build
cmake --build . -j "$(sysctl -n hw.ncpu 2>/dev/null || nproc)"
cmake --install .    # 若之前装过前缀，再同步一次 bin

只改了少量 .cpp 时增量编译通常很快。若 CMake 选项（package、MPI）有变，重新跑一遍 cmake ../cmake … 再 build。

冒烟时刻意调用自编路径，确认不是 brew/apt 的旧二进制：

type -a lmp_custom
$HOME/opt/lammps-custom/bin/lmp_custom -in in.your_test

5. 和发行版、集群怎么并存

场景 建议
本机既有 brew install lammps 又有自编译 自编译用 Lammps_MACHINE 起不同名（如 lmp_custom），脚本写死 $HOME/opt/…/bin/lmp_custom
集群跑你改过的引擎 一般不能指望 module load 带你的补丁；把编好的二进制或整个 prefix 按课题组规矩放到 $HOME / $SCRATCH，作业脚本里写绝对路径
提交论文 写明 upstream 标签 / commit + 自写 package 名；仓库里保留可复现的 CMake 命令或小脚本

开启更多 package、编 GPU 见第六、七节。改完选项记得重新 cmake（或清掉 build/ 再建）。

六、特殊 / 常用 package 怎么开

Lammps 的「package」决定二进制里有没有某类 pair_style / fix / compute。发行版 brew / apt 默认只开一部分；缺了就会报 Unrecognized … style——这时用 CMake 打开对应 PKG_名字=yes 再编（见第五节）。

官方总表：Packages · 开法：Build package · 额外依赖：Build extras。

1. 怎么知道自己缺哪个包

  1. 查文档：该 pair_style / fix 页面通常写明隶属哪个 package。
  2. 看当前二进制：lmp -h（或部分版本打印 Installed Packages）。
  3. 报错 Unrecognized pair style 'lj/class2' 之类 → 打开含 CLASS2 的包后再编。

2. CMake 开包与 preset

单个打开：

cmake ../cmake -D PKG_MOLECULE=yes -D PKG_KSPACE=yes -D PKG_MANYBODY=yes
# 名字与 Packages 页面一致，例如 PKG_REAXFF、PKG_MEAM、PKG_PYTHON

常用 preset（在源码树 cmake/presets/，用 -C 加载；可叠多个）：

# 核心几包：MOLECULE、KSPACE、MANYBODY、RIGID、GRAPHICS 等
cmake -C ../cmake/presets/basic.cmake ../cmake

# 多数常用包（更全，体积与编译时间也更大）
cmake -C ../cmake/presets/most.cmake ../cmake

# most 后再去掉依赖重库的包，并自己加 GPU 等（官方示例思路）
cmake -C ../cmake/presets/most.cmake \
      -C ../cmake/presets/nolib.cmake \
      -D PKG_GPU=on -D GPU_API=cuda \
      ../cmake

已有 build/ 时也可增量加包：

cd build
cmake -D PKG_BODY=yes .
cmake --build . -j "$(sysctl -n hw.ncpu 2>/dev/null || nproc)"

3. 分子模拟里常碰到的包（示例）

需求方向 常见 package（名称以官网为准） 备注
分子拓扑、键角、简单 LJ/电荷 MOLECULE、KSPACE、RIGID basic preset 大致覆盖
金属多体势、AIREBO 等 MANYBODY 等 缺势多从这里找
Class2 / 部分商品力场风格 CLASS2 等 输入里出现 lj/class2 就对一下
ReaxFF、MEAM 等 REAXFF、MEAM 等 各自文档有额外提示
OpenMP 线程加速（CPU） OPENMP（-D PKG_OPENMP=yes） 运行用 -sf omp 等；见速度文档
嵌 Python、调外部库 PYTHON 需本机 Python 开发头文件；见 Build extras
OpenKIM 模型 KIM 另装 kim-api / openkim-models；发行版有时另有 openkim-models 包
机器学习势（SNAP、IAP、PACE…） ML-SNAP、ML-IAP、ML-PACE 等 部分要额外库；跟 Build extras 逐步开
GPU 加速 GPU 或 KOKKOS 见第七节；不要一次全开

Tips： most.cmake 省事，但编译久、依赖多；课题只缺两三个 style 时，按需 -D PKG_…=yes 更干净，也更容易对齐集群上的构建。

4. 「特殊」包：多出来的依赖

下面这些打开后常要额外软件，CMake 会找库；找不到就配置失败——对照 Build extras 装好再编：

包（示例） 常要额外准备什么
PYTHON Python 3 + 开发头文件（如 python3-dev）
KIM kim-api；模型侧常配 OpenKIM
VORONOI voro++
NETCDF / H5MD / COMPRESS netcdf、HDF5、zlib 等
ML-* 系列 依官方说明（部分要单独源码或库）
GPU / KOKKOS CUDA（NVIDIA）或对应 GPU 工具链；见第七节

Ubuntu 举例（仅示意，包名随发行版变）：

sudo apt install -y python3-dev zlib1g-dev libpng-dev
# kim-api、fftw、netcdf 等按你打开的 PKG 再装

Mac 上优先用 Homebrew 装同名依赖，再把前缀告诉 CMake（必要时 -D CMAKE_PREFIX_PATH=$(brew --prefix)）。

七、GPU 版本怎么装

GPU 不是 brew / apt 「换个开关」就能得到的——一般要在 Linux + NVIDIA（或集群模块） 上用源码编。消费级 Mac（含 Apple Silicon）基本没有 NVIDIA CUDA 路线，本机 GPU 版 Lammps 不现实；调试用 CPU，生产把作业交到有 GPU 的集群。

两条主流加速包（二选一为主，勿混用同一套输入里的两套约定）：

GPU package KOKKOS package
定位 经典「力和邻居上 GPU」加速包 更统一的 Kokkos 后端（CUDA / HIP / OpenMP…）
CMake -D PKG_GPU=yes + GPU_API / GPU_ARCH -D PKG_KOKKOS=yes，常用 kokkos-cuda.cmake preset
运行 常用 -sf gpu，并设 GPU 数等 须 -k on，常用 -sf kk
文档 GPU package · Build extras · GPU KOKKOS · Build extras · KOKKOS

课题论文、集群 module 写的是哪条，你就跟哪条；两边都编通再在自家 in 里试。

1. 编译前确认硬件与工具链

nvidia-smi                  # 有驱动、能看到卡
nvcc --version              # CUDA toolkit（版本要与驱动匹配）

集群上常见是 module load cuda / module load gcc 等，以机房说明为准。无卡的登录节点可以「交叉」编出二进制，但链接时常需要 CUDA stub（libcuda.so）；最终仍须在计算节点冒烟。

2. 示例：GPU package + CUDA

架构代号（GPU_ARCH）按卡型选，例如 Ampere 常用 sm_80 / sm_86，完整表见 Build extras · GPU。可与 most + nolib 组合：

cd /path/to/lammps
mkdir -p build-gpu && cd build-gpu

cmake -C ../cmake/presets/most.cmake \
      -C ../cmake/presets/nolib.cmake \
      -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/opt/lammps-gpu \
      -D Lammps_MACHINE=gpu \
      -D BUILD_MPI=yes \
      -D PKG_GPU=yes \
      -D GPU_API=cuda \
      -D GPU_ARCH=sm_80 \
      ../cmake

cmake --build . -j "$(nproc)"
cmake --install .

冒烟（单卡、小例子）：

export PATH="$HOME/opt/lammps-gpu/bin:$PATH"
# 具体 -sf / -pk 参数以当前文档为准
mpirun -np 1 lmp_gpu -sf gpu -pk gpu 1 -in in.lj

OpenCL / HIP 把 GPU_API 换成 opencl 或 hip，并装好对应 runtime（细节见官方）。

3. 示例：KOKKOS + CUDA

优先用官方 preset，再按卡改架构变量（preset 内注释会写 Kokkos_ARCH_…）：

mkdir -p build-kk && cd build-kk

cmake -C ../cmake/presets/most.cmake \
      -C ../cmake/presets/kokkos-cuda.cmake \
      -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/opt/lammps-kk \
      -D Lammps_MACHINE=kk \
      ../cmake

cmake --build . -j "$(nproc)"
cmake --install .

运行要点（摘自官方速度文档，参数名随版本微调）：

export PATH="$HOME/opt/lammps-kk/bin:$PATH"
# 必须打开 Kokkos；g / t 等为 GPU 数与 OpenMP 线程数示例
mpirun -np 1 lmp_kk -k on g 1 -sf kk -in in.lj

多 MPI 秩且 MPI 非 GPU-aware 时，可能要加 package kokkos gpu/aware off 或命令行等价选项，否则会段错误——见 Speed_kokkos。

4. 使用与排错注意

现象 先检查
编得过、跑却像纯 CPU 是否加了 -sf gpu / -k on -sf kk；是否误用了 brew/apt 的旧 lmp
CUDA not found / 链接 libcuda nvcc、CUDA_HOME、驱动；登录节点缺库时用 toolkit 自带 stub
小体系 GPU 更慢 正常：传输开销大；GPU 适合足够大的体系
Mac / 无 NVIDIA 笔记本 不要死磕本机 GPU 版；CPU 调通 in，GPU 放到集群

Tips： 第一次编 GPU，先固定 一套（GPU package 或 KOKKOS）+ 一两个本征 package，确认 nvidia-smi 有占用后再往 most 里堆。集群作业脚本里写清模块、绝对路径与 -sf/-k 参数，和 集群与SLURM简明教程 一起用。

八、冒烟：跑一个最短例子

装好后任选本机二进制（下面以 lmp 为例；Mac Homebrew 请换成 lammps_serial；自编译用你的 prefix/bin/lmp）：

# 找 examples（路径因安装方式而异，可用 locate / mdfind / brew --prefix）
# apt / brew 常把示例放在 share 或 Cellar 下；也可从官网 tarball 取 bench/examples

# 最小自检：能打印帮助即说明二进制正常
lmp -h

若已找到 Lammps 自带的 Lennard-Jones 示例目录（名称常含 lj / bench），进入后：

lmp -in in.lj
# Mac Homebrew 常为：
# lammps_serial -in in.lj

看到开始刷 thermo、结束无立即段错误，一般就算通过。细节以当前版本文档与 examples 里的 README 为准。

本项目目录习惯是把输入放在 lammps/（见 科研项目目录结构规范）：

mkdir -p myproject/lammps
# 把调试用的 in.* 放进 myproject/lammps/
cd myproject/lammps
lmp -in in.minimize

九、MPI、核数与「本机别跑太凶」

场景 建议
改 in、核对单位、几十步 minimize 串行即可（lmp / lammps_serial / 自编译 lmp）
本机并行试跑 mpirun -np 4 lammps_mpi -in in.npt（核数别占满整机）
GPU 节点 一个作业绑清 GPU 数与 MPI 秩；别在登录节点占卡
正式长时间、大体系 集群 sbatch（见 集群与SLURM简明教程）

笔记本风扇狂转、散热报警时，把生产迁到集群比死磕本机更合理。

十、常见问题

Q：Mac 上 mpirun + PPPM 一初始化就 Segmentation fault？
A：多半是 Homebrew LAMMPS 链接的 FFTW3 with threads 与多进程 MPI 冲突（崩在 fftw_plan_awake）。用第五节 -D FFT=KISS 自编译；或临时去掉 kspace_style pppm / 改用 coul/cut、单进程冒烟。不要指望 brew 提供 KISS 开关。

Q：提示 command not found: lmp？
A：Mac 先试 lammps_serial；自编译是否把 $HOME/software/lammps-kiss/bin 或 $HOME/opt/…/bin 写进 PATH。echo $PATH、type -a lmp 先看清楚。重新开一个终端再试。

Q：Unrecognized atom style / pair style？
A：当前二进制没编进对应 package，或你的自定义 style 没进这次构建。查看文档隶属哪个包，按第六节 -D PKG_…=yes（或第五节挂自写代码）再编。

Q：改完源码，运行仍像旧版行为？
A：多半 PATH 命中了 brew/apt 的旧 lmp。用 type -a lmp 和绝对路径调用自编译二进制；确认 cmake --install 已装到你以为的前缀。

Q：本机和集群结果差一截？
A：先对齐同一份源码 / commit、包集合（含 GPU/KOKKOS）、精度与热浴；本机冒烟通过 ≠ 和生产构建比特级一致。Methods 里写清可执行文件来源与版本。

Q：自编译出来的还叫 lmp，和系统装的撞名？
A：CMake 加 -D Lammps_MACHINE=名字，可执行文件会变成 lmp_名字（第五节）。Homebrew 自带的一般是 lammps_serial / lammps_mpi，命名空间本来就和 lmp 错开。

Q：一定要装 GPU 版吗？
A：不必。小体系与调 in 用 CPU 往往更省事；GPU 适合集群上的大体系。有 NVIDIA + CUDA 时按第七节编；Mac 本机一般走 CPU。

Q：GPU package 和 KOKKOS 要不要一起开？
A：可以编进同一二进制，但同一套生产输入建议主用一条加速路径，避免 style 后缀与 package 命令打架。跟课题 / 集群文档保持一致。

Q：Windows 不装 WSL 行不行？
A：可以找社区/官方的 Windows 构建，但与集群 Linux 环境不一致，路径与脚本容易分叉；自编译与 GPU 尤其别在原生 Windows 硬刚。MolSimulX 推荐 WSL → 按 Ubuntu 安装 / 编译（GPU 仍需 Linux 主机或带 GPU 的远程节点）。

十一、小结

  1. Mac： brew install lammps 可冒烟；MPI + PPPM 请自编译 -D FFT=KISS（第三节、第五节），与 brew 版分目录并存。
  2. Ubuntu / WSL： sudo apt install lammps → 常用 lmp。
  3. 改写 / 新增源码 / 常用包： CMake 编到 $HOME/…；Mac 推荐 most + nolib + FFT=KISS + MPI；也可用 -D Lammps_MACHINE=… 生成 lmp_名字。
  4. 特殊 / 常用 package： -D PKG_…=yes 或 basic / most preset；有额外库的对照 Build extras。
  5. GPU： Linux + CUDA（或集群模块）；PKG_GPU 或 PKG_KOKKOS（preset），运行加 -sf gpu 或 -k on -sf kk。
  6. 先 -h 与短 in 冒烟，再谈 MPI、GPU 与集群。
  7. 长时间生产放到集群；本机安装与自编译主要服务调试和复现。

学习路径

前置阅读：

下一步：

官方手册：docs.lammps.org · Build · Packages · Build extras · Modify · GPU · KOKKOS