MDStudio使用须知与限制
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MDStudio·限制·VIP·免费试跑
MDStudio 能在浏览器里把分子结构变成 Lammps 输入，但它不是无限算力的集群节点。用之前先分清两类操作：轻量级任务（画、看、管文件、力场转换等）几乎不占共享算力；重量级任务（力场生成、装盒、测试模拟、结构变换等）会排队、吃墙钟、卡原子数——平台主要限制的是后者。
本文写清：哪些算重活、限额数字怎么挡、免费与 VIP 差在哪。逐步怎么点：Quickstart：从画分子到测试模拟；界面地图：MDStudio功能与界面总览。
一、Studio 里的两类任务
下表按算力体感划分，不区分免费 / VIP（谁能点哪些 Tab，见第二节）。
| 类型 | 典型操作（界面 Tab / 动作） | 体感 | 限制侧重点 |
|---|---|---|---|
| 轻量级 | 孤立分子绘制；周期分子、粗粒颗粒生成；分子仓库浏览 / 预览 / 导入；工作区浏览、重命名、删除、文本预览 / 编辑；上传与下载；结构预览；力场转换 | 秒级交互，一般不占任务队列 | 工作区容量、预览 / 编辑大小、VIP 门控（上传·导入·编辑）、预览结构规模 |
| 重量级 | 力场生成（含电荷）；搭建盒子；测试模拟；结构变换 | 表单下方出现任务状态、可能排队；数秒～数分钟 | 单分子原子数、装盒总原子、测试原子数、任务墙钟、并发 |
一句话：轻量级偏结构编辑、预览、文件与仓库、力场格式转换；重量级是力场生成、装盒、测试模拟、结构变换。
适合用来装输入与测试，不适合长时间生产 MD、GB 级轨迹在线存、或取代课题组集群。生产轨迹请下载后走本机 / 集群：分子模拟工作平台搭建、本地与集群文件传输、集群与 SLURM 简明教程。
当前墙钟与规模是共享机房的保护线；后续会按反馈扩容或对接高性能集群。使用中的需求、限额疑问，或界面 / 任务异常与疑似 bug，欢迎经官网 联系我们 反馈；有效 bug 反馈我们会按情况回馈积分。
二、账号与权益（谁能点哪些功能）
登录后按会员档位开放 Tab 与额度。免费可跟练 Quickstart 主流程里的重量级任务（规模更紧）；更大体系、以及部分轻量级功能（周期分子、粗粒颗粒、力场转换、上传 / 导入等）需 VIP。
2.1 功能开关
| 能力 | 轻/重 | 免费 | VIP |
|---|---|---|---|
| 登录、打开工作室 | — | ✅ | ✅ |
| 孤立分子绘制；仓库浏览 / 预览 | 轻 | ✅ | ✅ |
| 工作区浏览、重命名、复制、移动、删除、下载 | 轻 | ✅ | ✅ |
| 工作区文本预览（双击打开） | 轻 | ✅（只读） | ✅ |
| 工作区编辑 / 保存 / 另存为 | 轻 | ❌ | ✅ |
| 周期分子、粗粒颗粒生成；力场转换 | 轻 | ❌ | ✅ |
| 仓库导入、工作区上传 | 轻 | ❌ | ✅ |
| 力场生成 | 重 | ✅（电荷见下） | ✅ |
| 搭建盒子、测试模拟 | 重 | ✅（规模见第三节） | ✅ |
| 结构变换 | 重 | ❌ | ✅ |
2.2 电荷方法（重量级：力场生成）
免费可选 mmff94、am1-bcc、none。resp、eqeq 需 VIP。
2.3 免费档怎么用
跟 Quickstart：从画分子到测试模拟：画乙醇 → 力场 → 装盒约 10 个分子（总原子约 90，远低于免费装盒 ≤1000）→ 测试模拟。结构用孤立分子画板生成；不要依赖上传、仓库导入，或在线改 pack.inp（编辑保存需 VIP，见 MDStudio资源管理器）。
三、重量级任务的规模与时间
限额分两层：会员档位（免费更紧）与机房硬顶（VIP 接近下表「VIP / 机房」列；有效值常为 min(档位, 机房)）。表单、SMILES、保存结构、以及手改过的 pack.inp，都会按当前内容重算——改文件名和内容不能绕过。
3.1 规模上限（主要卡重量级）
| 类别 | 主要挡谁 | 免费 | VIP / 机房（当前） | 超出时 |
|---|---|---|---|---|
| 单分子原子数 | 力场生成、结构变换等；以及绘制 / 生成结构保存到工作区（含粗粒颗粒的珠数） | ≤ 50 | 1000 | 直接拒绝启动该步 |
| 装盒总原子 | Packmol（阶段 ②） | ≤ 1000 | 10 万 | 缩小个数；VIP 略超时可能给 run_packmol.sh；阶段 ③ 另有 2× 有效上限硬顶（免费 2000 / VIP 20 万） |
| 测试模拟原子 | 测试模拟 | 机房硬顶 5000（免费通常先撞上装盒 ≤1000） | 5000 | 无法启动测试 |
.ff 拓扑行数 |
力场生成 / 装盒写 Lammps（Web 硬拦） | 同机房 | 键 6000 / 角 30000 / 二面角 50000 / 离面角 20000 | 拒绝或改 topo=none |
| 工作区总容量 | 轻量也会碰 | 50 MB | 200 MB | 清理文件 |
| 上传单文件 | VIP 上传（轻量 IO） | 不可上传 | 20 MB | 失败 |
| 文本预览 | 资源管理器双击打开 | ≤ 20 MB（免费只读） | 同左 | 过大无法打开；改用本机编辑或下载 |
| 在线编辑保存 | 资源管理器 | ❌（仅 VIP） | ≤ 2 MB 可保存；2–20 MB 只读预览 | 开通 VIP，或本机改完再上传 |
| 单目录条目 | 资源管理器 | 50 | 同左 | 清理或新建子目录 |
| 3D 预览 | 右侧可视化 | 原子 10 万；电荷着色 1000；轨迹最多 200 帧 | 同左 | 超限跳过 3D / 降级着色 / 抽帧 |
Tips（免费）： 乙醇约 9 原子 × 10 ≈ 90 原子，远低于免费装盒 总原子 ≤1000。手改
pack.inp的number再跑 Packmol，会按pack.inp重算总原子——但免费档不能在线保存编辑，需 VIP 或下载到本机改。Tips（VIP）： Packmol 略超在线上限时，可能给出
run_packmol.sh供本地跑完回传simbox.xyz；远超 10 万请 联系我们。AM1-BCC 原子数 >50、RESP >10 时会「写集群脚本 + 挂起 → 上传.out续跑」（需上传权限），不是简单禁算。
3.2 墙钟与排队（重量级共用）
| 任务 kind | 墙钟（秒） | 场景 |
|---|---|---|
msxff |
300 | 力场生成 |
msxtrans |
60 | 结构变换 |
msxbox_packmol |
60 | 装盒 ① 写 pack.inp |
packmol |
300 | 装盒 ② 跑 Packmol |
msxbox_lammps |
60 | 装盒 ③ 写 Lammps |
lammps_test |
300 | 测试模拟 ② |
超时会杀进程树；半成品不自动删除。排队等待不计入墙钟。
并发队列（当前机房）：全站同时运行 3、每用户运行+排队合计 1、全站排队长度 20。同一用户前一个重活没完，下一个会等。界面若显示其它数字，以线上配置为准。
四、安全与习惯
- 勿向公共在线环境上传未发表、涉密数据。
- 大轨迹、完整生产输出放本地 / 集群，勿把工作区当硬盘。
- 正式模拟：下载
data.lmp/in.lmp后改到本机或集群。
五、翻车对照
| 现象 | 可先检查 |
|---|---|
| Tab 提示开通 VIP | 周期分子、粗粒颗粒、力场转换、结构变换、上传 / 导入 / 在线编辑保存需 VIP；孤立分子·力场·装盒·测试可免费用 |
| 电荷没有 resp / eqeq | 免费仅 mmff94、am1-bcc、none |
| 力场 / 导出 / 保存报原子数超限 | 免费单分子 ≤ 50；粗粒颗粒的珠数同样计入（见 MDStudio粗粒颗粒） |
| 装盒报总原子超限 | 免费 ≤ 1000；减分子个数；勿只改大 pack.inp 的 number 绕表单 |
| 双击文件只能看不能改 | 免费只读预览；编辑 / 保存需 VIP（见 MDStudio资源管理器） |
| 无法上传 / 仓库无导入 | 免费关闭；结构请画板生成 |
| 工作区配额不足 | 免费 50 MB：删无用文件 |
VIP 装盒给 run_packmol.sh / 超 10 万 |
减分子数或 联系我们 |
| 测试模拟点不了 | 缺 data.lmp / in.lmp / in.test.lmp（及需要时的 pair.lmp），或超测试原子上限 5000 |
| 任务红了 / 一直排队 | 看任务日志；是否撞墙钟或他人占用并发（当前全局运行最多 3） |
手改 pack.inp 后设置被盖掉 |
见 MDStudio资源管理器 |
| 界面异常、功能与文档不符、疑似 bug | 记下 Tab、操作步骤与报错信息，经 联系我们 反馈；有效反馈按情况回馈积分 |
小结
- 先分清轻重（与是否 VIP 无关）：轻含绘制、仓库、文件 IO、力场转换等；重为力场生成、装盒、测试模拟、结构变换——主要限制在重量级。
- 免费可跑通孤立分子绘制 → 力场（mmff94 / am1-bcc / none）→ 装盒 → 测试（单分子 ≤50、装盒总原子 ≤1000、工作区 50 MB；无上传 / 导入 / 在线编辑保存）。
- VIP 单分子约 1000、装盒约 10 万、工作区 200 MB，并开放周期分子、粗粒颗粒、力场转换、结构变换、上传、导入与文本编辑；阶段 ③ 另有 2× 装盒硬顶（免费 2000 / VIP 20 万）。
- 限额按当前文件内容统计，不以文件名为准；电荷超 AM1-BCC 50 / RESP 10 会改写远端脚本续跑；测试模拟机房硬顶 5000 原子。
- 长跑与生产请下载后走集群；扩容与产品需求可 联系我们 反馈。
- 遇到 bug、界面异常或文档与产品不一致，也欢迎 联系我们 反馈；有效 bug 反馈我们会按情况回馈积分。
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