MDStudio力场生成
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MDStudio·力场生成·GAFF· 电荷
有了分子坐标，还需要确定原子类型、部分电荷、Lennard-Jones 非键参数，以及键、角、二面角和离面角参数，才能继续装盒并生成 Lammps 输入。MDStudio 的力场生成将这些步骤串成一条流水线：
结构文件或 SMILES / InChI → 标准化 MOL2 → 计算电荷 → 分配原子类型 → 匹配力场参数 → 输出 _ff.mol2、_ff.xyz 与 .ff。
本文详细介绍支持的输入文件、表单参数、电荷方法、拓扑层级、输出命名，以及 .ff、.xyz、.mol2 三种输出各自保存什么。这里的「生成」是依据内置参数库进行原子类型分配和参数匹配，不等同于从量子化学数据重新拟合一套力场。
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