MDStudio结构变换
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MDStudio·结构变换·周期超胞·分子晶体
需要把斜胞拉正、把单胞扩成超胞，或把孤立分子摆正再堆成分子晶体——结构变换 Tab 对已带力场的单个结构做几何处理，产物是 {stem}_trans.xyz，沿用原来的力场。
界面顶部两个子模式互斥：
| 模式 | 输入 | 做什么 |
|---|---|---|
| 周期超胞 | 必须含晶胞（目前仅 .xyz 第二行 cell） |
正交化、扩胞、轴置换、镜像、平移 |
| 分子晶体 | 必须无晶胞（孤立分子） | 摆正姿态；可选按密堆模式建胞并扩展 |
选模式 → 选引用 .ff 的结构 → 填参数 → 写出 {stem}_trans.xyz。
本文介绍两种模式的数据流、表单参数、流水线差异、分子晶体的四种堆叠与 padding 约定，以及原子数与权限。这里只做几何处理，不改电荷或力场类型。
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